Ответ прост. Давайте вспомним школьную физику.
Теплый воздух легче холодного, поэтому он подобно воздушному шару стремится вверх. Холодный воздух наоборот тянется вниз, потому что он тяжелее теплого. Связано это с плотностью, которая меняется в зависимости от температуры.
Таким образом, естественная вентиляция в квартире хорошо функционирует когда в квартире тепло, а на улице холодно. При этом воздух из квартиры выходит по каналам вентиляции. Не стоит забывать, что так же требуется и приток воздуха, поэтому для полноценной работы вентиляции необходимо открывать оконную створку (для эффективной работы вентиляции объем приточного воздуха должен быть равен объему удаленного воздуха по воздуховоду).
В летнюю жару температурного перепада между улицей и помещением недостаточно для хорошего воздухообмена. В результате воздух перестает двигаться по вентиляционным каналам. Потому естественная вентиляция и называется естественной, что она подчиняется естественным законам.